O Conselho é o órgão deliberativo do CEAF, integrado pelo Procurador-Geral de Justiça, que exerce a função de Presidente, pelo Corregedor-Geral do Ministério Público, por um membro do Colégio de Procuradores de Justiça eleito por seus pares e por dois Promotores de Justiça escolhidos pelo Conselho Superior do Ministério Público.