No primeiro momento, o programa foi apresentado a todas as associações do Estado de Santa Catarina, oportunidade em que foram entregues CDs com minutas de consórcios municipais; proposta de legislação para adequação do provimento de cargos de fiscal e do código tributário municipal; protocolo de intenções intermunicipais; e minuta do termo de cooperação técnica com o objetivo de apresentar as essencialidades necessárias para alcançar os princípios constitucionais imprescindíveis para o legítimo controle, fiscalização e cobrança dos tributos municipais.

Na segunda etapa, foram promovidas as assinaturas dos Termos de Cooperação Técnica, resultando em 236 Termos firmados entre o Ministério Público e as Prefeituras Municipais, o que corresponde a 80% (oitenta por cento) dos municípios catarinenses.

Na terceira etapa do Programa, foi disponibilizado o Curso Prático de Direito Tributário, entregue em DVDs a todas as prefeituras parceiras a fim de auxiliar os agentes tributários na compreensão da atividade fiscalizadora. Com o mesmo propósito, a quarta etapa do Programa foi a promoção de  workshops sobre crimes contra a ordem tributária, de forma regionalizada e junto às associações, com enfoque para a Lei n. 8.137/1990, incluindo também conceitos básicos de direito penal e processual penal.

Com resultado pode-se destacar a qualificação dos auditores fiscais municipais, bem como o direcionamento da fiscalização em quatro segmentos econômicos comuns na maioria dos municípios. O programa, em 2016, teve duas etapas: na primeira, elaboração de questionário que foi encaminhado aos municípios parceiros para verificar a implementação dos compromissos assumidos com o MPSC quando da assinatura dos termos de cooperação técnica. Na segunda etapa foi realizado seminário de difusão e integração entre auditores fiscais Municipais e o Ministério Público. 

Em 2017, essas e outras informações foram organizadas em um diagnóstico individualizado sobre a arrecadação tributária de cada um dos 295 municípios catarinenses .  O relatório  visa auxiliar o gestor público a identificar se o sistema tributário municipal possui problema e qual a possível causa, permitindo, na análise comparativa, que se possa verificar boas práticas de gestão tributária que possam ser implementadas no respectivo Município. 

O programa Saúde Fiscal foi reconhecido, pelo Conselho Nacional do Ministério Público, como exemplo de atuação institucional proativa em busca da indução das políticas públicas (3ª colocação no Prêmio CNMP 2016).